Zarząd

Koinonia Jan Chrzciciel jest zarządzana kolegialnie. Struktury lokalne posiadają swoją radę i odpowiedzialnych.

W każdym kraju, gdzie istnieje więcej niż jedna Oaza lub Region Koinonii, działa Rada Krajowa, składająca się z osób odpowiedzialnych za Oazy i Regiony. Przewodniczy jej Koordynator Krajowy.

Wszyscy odpowiedzialni za poszczególne Wspólnoty Koinonii Jan Chrzciciel tworzą jej Synod, którego zadaniem jest określenie ogólnego kierunku działań Koinonii. Administracją wykonawczą zajmuje się natomiast Rada Federacji, której przewodniczy Pasterz Generalny, kierujący działalnością wspólnoty.