Działalność pastoralna Koinonii Jan Chrzciciel opiera się na trzech zasadniczych filarach, nazywanych w skrócie KeKaKo, od słów „kerigma” (kerygmat), „karisma” (charyzmat), „koinonia” (wspólnota).
Jest to więc przede wszystkim bezpośrednie przepowiadanie kerygmatyczne i formowanie ewangelizatorów w szkołach ewangelizacji.
Drugim filarem jest promowanie spotkań ewangelizacyjnych i formowanie członków Wspólnot Rodzinnych do pełnienia rozmaitych posług o charakterze charyzmatycznym.
I wreszcie – budowanie wspólnot, żyjących w atmosferze przyjaźni i doświadczenia spotkania z Chrystusem zmartwychwstałym, na modlitwie i we wzajemnym dzieleniu się życiem.
Wszelka działalność pastoralna Koinonii wpisuje się aktywnie w duszpasterstwo prowadzone przez lokalne struktury kościelne, wnosząc charakterystyczny dla niej wkład w realizację planów pastoralnych, formułowanych przez te struktury.
